Николай Харитонович Попов был старшим сыном в большой и дружной семье потомственного казака, создателя Новочеркасского музея донского казачества, Харитона Ивановича Попова, редактора «Донской газеты», за личные заслуги удостоенного дворянства. Его мать, Александра Петровна, была дочерью священника, поэтому все дети в семье, а их было девять человек, воспитывались в духе нравственности,